Le cloître de Saint-Pierre-Ie-Jeune est le seul qui soit entièrement conservé à Strasbourg. Il a cependant subi bien des transformations au cours des siècles.
Construit par l'évêque Guillaume au XIème siècle (ou selon certains historiens vers les années 1160) il comprend trois galeries romanes, à l'ouest, au sud et au nord. Avec la construction de nouveaux bâtiments pour le chapître, la galerie orientale devient gothique au XIVème siècle.
Au XVIIIème siècle, la galerie gothique est murée. Les trois galeries romanes sont en grande partie détruites et remplacées par des galeries de style baroque, avec des arcades surbaissées de plus grande ouverture. Des colonnettes de l'ancien cloître sont en partie enfouies dans le jardin et serviront plus tard de modèles pour une reconstitution.
A la révolution française, les tombes se trouvant dans le cloître sont presque toutes pillées, les bâtiments du chapître surplombant le cloître sont sécularisés et vendus. Ils deviendront successivement une grande cave à vin et une fabrique de tissus. Dans les années 1995-2000, ils furent transformés en appartements. Après le départ de la paroisse catholique, le cloître est restitué dans son état ancien par le restaurateur Carl Schaefer. Sur trois côtés les façades de la galerie sont construites en arcades avec colonnettes rondes qui alternent à plusieurs reprises avec des piliers carrés.
On peut remarquer, en particulier, côté ouest, une colonnette à faisceau composée de quatre colonnettes avec des bases attiques et des chapiteaux en forme de tête d'homme, datant vraisemblablement du XIIème siècle. La galerie orientale est recouverte de voûtes avec nervures et percée de quatre fenêtres en plein cintre divisées en quatre parties. Le puits central date de la fin du XIXème siècle, ainsi que la croix devant la galerie Est.
Une nouvelle restauration a eu lieu dans les années 2003 - 2005 : la voûte de la galerie Est, avec ses peintures murales représentant des anges, a été restaurée, les peintures murales des trois galeries romanes en partie reconstituées. Une nouvelle toiture avec tuiles « canal », telles qu'utilisées en Alsace au XIV. siècle, a été posée.
Tout autour du cloître on trouve trente-quatre pierres tombales, dont certaines ont été transférées là de l'intérieur de l'église à la fin du XIXème siècle. Elles datent toutes du XIVème au XVIème siècles. Sur les murs, un certain nombre d'épitaphes, dont la plus ancienne date de 1455 (le prévôt du chapître Blocholtz), la plus récente de 1769 (le prévôt du chapître Jean-Baptiste de Regemorte).
