En 1524, l'église et la paroisse devinrent protestantes. Le réformateur Wolfgang Capiton en fut le premier pasteur. Néanmoins, le chapître étant resté catholique, il conserva la jouissance du chœur pour les séances solennelles du chapître et l'intronisation des chanoines. Mais pour le reste, le chapitre émigra à Molsheim.
Après le rattachement de Strasbourg au Royaume de France, en 1681, et bien que l'acte de capitulation de la ville ne mentionna pas Saint-Pierre-Le-Jeune, à la demande des chanoines du chapître et sur ordre de Louvois, l'Intendant du Roi La Grange décida en 1682 de faire murer le jubé et d'ériger au-dessus de celui-ci un mur de séparation entre la nef et le chœur.
Dès lors, le chapître reprit ses activités et la paroisse catholique prit possession du chœur. Elle le fit aménager pour les besoins de la messe catholique: un grand maître-autel fut construit qui plus tard, quand les catholiques quittèrent à nouveau l'église, fut démonté et transporté à l'église de Rosteig; elle fit construire des boiseries, des stalles et une grande chaire baroque richement ornées des armoiries du chapitre et des Princes-évêques de Rohan. De leur côté, les protestants, pour se démarquer de ce qui apparaissait désormais comme « trop catholique », recouvrirent les peintures murales d'un badigeon blanc, et réorientèrent l'église: l'autel et la chaire se trouvaient devant le deuxième pilier de la nef, côté nord, et les bancs furent orientés de façon à regarder tous vers la chaire, selon le modèle de la « Predigerkirche » suisse.
La Révolution française apporta de multiples soubresauts. Le 15 janvier 1791 le chapître cessa d'exister par décret gouvernemental, et ses biens furent confisqués et vendus. La plupart des chanoines émigrèrent. Les révolutionnaires s'en prirent au grand portail sud: un grand nombre de statues furent démolies ainsi que les sculptures du tympan. En 1793, sur ordre du maire révolutionnaire Monet, tous les objets du culte précieux furent confisqués et les trois cloches furent fondues pour fabriquer des canons pour les armées de la république. L'église fut fermée et transformée en grenier à foin, plus tard en magasin de viande pour l'armée. Le culte fut interdit; néanmoins le pasteur Leonhard continua à célébrer des cultes dans la salle de l'Auberge de la charrue, rue du Faubourg de Pierre, jusqu'à ce qu'il fut arrêté et, avec d'autres pasteurs et prêtres, incarcéré au Grand Séminaire transformé en prison.
Le culte fut rétabli en 1795 mais ce n'est qu'un an plus tard que la paroisse put réintégrer l’église après les réparations indispensables.
En 1784, le clocheton gothique, au-dessus du chœur, fut démoli parce qu'il menaçait de s'effondrer. Il fut remplacé par ce que les Strasbourgeois appelleront un « kiosque indochinois » surmonté en 1799 d'un télégraphe assurant la ligne Strasbourg - Mayence. En 1900, le restaurateur de l'époque, Carl Schaefer, a rétabli un clocheton néogothique.
Au milieu du XIXe siècle, sous l'impulsion du pasteur Frédéric Horning, nommé à Saint-Pierre-Ie-Jeune en 1846, la paroisse devint le point de départ et le centre d'un mouvement que l'on appellera le « réveil luthérien ». Une épitaphe à la mémoire de ce pasteur se trouve sur le mur nord de l'église, entre la chapelle des Zorn et la chapelle Saint-Nicolas. Une seconde fois, l'église dut être fermée pour un certain temps en 1870: la population du Faubourg de Pierre, qui fut entièrement détruit par les bombardements d'août 1870, s'est réfugiée dans l'église et y a vécu pendant plusieurs semaines. Le culte fut célébré pendant ce temps dans une salle de la rue Sainte-Hélène. Ce bombardement a également détruit une grande partie de la toiture de l'église et fait éclater tous les vitraux anciens. Les vitraux actuels sont tous des reconstitutions ou des inventions de la fin du XIXe siècle.
En 1784, le clocheton gothique, au-dessus du chœur, fut démoli parce qu'il menaçait de s'effondrer. Il fut remplacé par ce que les Strasbourgeois appelleront un « kiosque indochinois » surmonté en 1799 d'un télégraphe assurant la ligne Strasbourg - Mayence. En 1900, le restaurateur de l'époque, Carl Schaefer, a rétabli un clocheton néogothique.
Au milieu du XIXe siècle, sous l'impulsion du pasteur Frédéric Horning, nommé à Saint-Pierre-Ie-Jeune en 1846, la paroisse devint le point de départ et le centre d'un mouvement que l'on appellera le « réveil luthérien ». Une épitaphe à la mémoire de ce pasteur se trouve sur le mur nord de l'église, entre la chapelle des Zorn et la chapelle Saint-Nicolas. Une seconde fois, l'église dut être fermée pour un certain temps en 1870: la population du Faubourg de Pierre, qui fut entièrement détruit par les bombardements d'août 1870, s'est réfugiée dans l'église et y a vécu pendant plusieurs semaines. Le culte fut célébré pendant ce temps dans une salle de la rue Sainte-Hélène. Ce bombardement a également détruit une grande partie de la toiture de l'église et fait éclater tous les vitraux anciens. Les vitraux actuels sont tous des reconstitutions ou des inventions de la fin du XIXe siècle.
À plusieurs reprises, les catholiques tentèrent d'obtenir le« simultaneum » pour l'ensemble de l'église, en vain. À la fin du XIXe siècle il devint cependant évident que le chœur de l'église était devenu trop petit pour la paroisse catholique. La ville de Strasbourg décida alors de construire pour elle une nouvelle église à la place de la caserne Finkmatt, qui fut démolie. En même temps, la ville confia à Carl Schaefer, professeur à l'école polytechnique de Karlsruhe et spécialiste reconnu de l'art médiéval, le soin de mener les travaux de restauration de l'église entièrement rendue au culte protestant. Les travaux durèrent de 1897 à 1901 (le mur de séparation fut démoli les 2 - 4 mars 1898), les fresques et peintures murales furent remises à jour et restaurées, l'église fur réorientée vers l'est et un nouvel autel et une nouvelle chaire furent construits. Ces travaux donnèrent à l'église le visage que nous lui connaissons aujourd'hui
