En entrant dans l'église par la porte latérale, dite « du Christ », on accède directement dans le transept occidental. La nef comprend trois travées à l'est et une travée à l'ouest. Chaque bras du transept est composé de deux parties à deux niveaux d'élévation, identiques à ceux de la nef centrale. Les grandes arcades retombent directement sur des piliers carrés, aux angles chanfreinés, sans l'intermédiaire de chapiteaux. Un haut mur aveugle les surmonte.
La croisée du transept est prolongée à l'ouest par une travée rectangulaire qui communique, au nord avec la chapelle des Zorn, et au sud avec un double bas-côté. Les deux travées de ce dernier sont couvertes de croisées d'ogive avec des clés ornées, notamment un « agnus dei ». Les ogives de la voûte retombent sur de belles consoles sculptées, l'une d'un lion (saint Marc), l'autre d'un homme vêtu d'un manteau à capuche enfonçant un glaive dans la gueule d'un dragon. On y trouve, en outre un enfeu orné d'une fresque représentant une descente de croix, au-dessus de la dalle funéraire de Clara de Windecke (décédée en 1354), et sur le mur occidental la fresque du « cortège des nations européennes vers la croix » surmontée de deux autres représentant le baptême du Christ et une « Pieta» en style gothique tardif. Au milieu, une épitaphe à la mémoire de Theobald Reis, membre éminent du conseil de la ville ( Décédé en 1729).
